1529年馬丁·路德的好友約翰內(nèi)斯·布根哈根來到剛剛引入新教的漢堡來建立新的教育和教會(huì)制度。他 在過去的漢堡圣約翰修道院設(shè)立了一座高等學(xué)校，約翰高等學(xué)校。與此同時(shí)1479年建立的市圖書館也被更新。

由于這座中學(xué)非常受歡迎，也為了減少年輕人從施塔德和不來梅的高級(jí)中學(xué)轉(zhuǎn)到漢堡1613年在漢堡成立了一座“學(xué)術(shù)高級(jí)中學(xué)”。在這里學(xué)生可以在兩年的學(xué)期中準(zhǔn)備進(jìn)入大學(xué)的課程。一開始這個(gè)高級(jí)中學(xué)有四名教授，后來六名。17世紀(jì)后市議會(huì)和公民逐漸忽視了市內(nèi)的公共學(xué)術(shù)教育。漢堡是一個(gè)商業(yè)共和國，其經(jīng)濟(jì)興趣在遠(yuǎn)洋，而市內(nèi)的大亨則可以通過家庭教師和私人學(xué)院來自己滿足其教育需求。這些私人教育設(shè)施中最重要的是“漢堡商業(yè)學(xué)院”，它是1768年建立的，其最著名的畢業(yè)生是亞歷山大·馮·洪堡。另一個(gè)重要的學(xué)術(shù)設(shè)施是1801年設(shè)立的漢堡天文臺(tái)，其最主要的任務(wù)是導(dǎo)航。

鄰近的阿通納現(xiàn)代化的克利斯蒂安中學(xué)受到了丹麥國王的大力支持，這從1738年開始更加加劇了漢堡市本身對(duì)公共高等教育的興趣。1806年漢堡有13萬居民，但是約翰高等學(xué)校只有125名學(xué)生，而學(xué)術(shù)高級(jí)中學(xué)只有18名學(xué)生。

從19世紀(jì)60年代開始漢堡的高等學(xué)校開始收錄非新教學(xué)生。19世紀(jì)末學(xué)術(shù)高級(jí)中學(xué)被關(guān)閉，市政府設(shè)立了一個(gè)今天依然存在的“一般繼續(xù)教育和普及科學(xué)教學(xué)堂”（Allgemeines Vorlesungswesen zur Weiterbildung und Verbreitung der Wissenschaft），其教師來自漢堡其它科學(xué)研究設(shè)施的客座教師。1900年市政府又設(shè)立了航海和熱帶病研究所（Institut für Schiffs- und Tropenkrankheiten）。1910年漢堡開始了市內(nèi)首個(gè)公共高等女子學(xué)校。

魏瑪共和國時(shí)期漢堡大學(xué)達(dá)到了其第一個(gè)頂峰。當(dāng)時(shí)大學(xué)里有四個(gè)系，數(shù)千學(xué)生。阿比·瓦爾堡和恩斯特·卡西爾等著名學(xué)者曾在這里任教。到1931年大學(xué)的教授數(shù)提高到75名。由于當(dāng)時(shí)尤其學(xué)生受到經(jīng)濟(jì)狀況的打擊1922年成立了“漢堡學(xué)生幫助協(xié)會(huì)”。同年秋該協(xié)會(huì)開設(shè)了漢堡第一座學(xué)生宿舍，次年夏又開設(shè)了漢堡第一座學(xué)生食堂。

納粹時(shí)期漢堡大學(xué)被改名為漢莎大學(xué)。被納粹認(rèn)為是不善的作家的書被從圖書館剔除。約50名學(xué)者被解雇(其中包括恩斯特·卡西爾和威廉·斯登)，至少七名學(xué)生因?yàn)榕c白玫瑰有聯(lián)系或者被懷疑與白玫瑰有聯(lián)系而被捕，后來死在獄中。

1945年戰(zhàn)后大學(xué)以漢堡大學(xué)的名稱重新開辦。教學(xué)和研究工作逐漸重新開辦。一開始大學(xué)有四個(gè)系(法學(xué)和社會(huì)學(xué)、醫(yī)學(xué)、哲學(xué)和自然科學(xué))。1954年增設(shè)(新教)神學(xué)。法學(xué)和社會(huì)學(xué)系分開，社會(huì)學(xué)和經(jīng)濟(jì)學(xué)自成一系。50年代末、60年代初大教室和哲學(xué)高樓建成。植物研究所和植物園被遷移到市外。70年代隨著學(xué)生數(shù)量的劇增許多新的、今天成為大學(xué)地標(biāo)的建筑建成。雖然如此原來的校園不夠大，今天在漢堡全市各地均有大學(xué)的建筑。

2000年兩個(gè)法學(xué)系合并。

從1990年代中開始大學(xué)的費(fèi)用不斷被削減，同時(shí)大學(xué)采取措施縮短平均學(xué)習(xí)時(shí)間和中斷率。為了協(xié)和歐洲各國大學(xué)的學(xué)程(波洛尼亞進(jìn)程)大學(xué)不得不對(duì)管理和學(xué)習(xí)制度進(jìn)行改革，這個(gè)改革過程至今依然在進(jìn)行。

2005年4月1日漢堡經(jīng)濟(jì)和政治大學(xué)被合并入漢堡大學(xué)。

主樓

20世紀(jì)初市內(nèi)有錢的商人企圖建立一座國立大學(xué)。他們向市政府和議會(huì)提出的建議卻沒有獲得批準(zhǔn)。 尤其非常有影響的商會(huì)反對(duì)這個(gè)計(jì)劃。1907年支持者成立了“漢堡科學(xué)基金會(huì)”，1908年“殖民研究所”?；饡?huì)的宗旨在于支持教學(xué)堂贏得學(xué)者以及資助研究旅行。殖民研究所的宗旨在于研究所有與遠(yuǎn)洋有關(guān)的教育和研究工作。同年市政府批準(zhǔn)了一塊地讓教學(xué)堂建立一座新的建筑（建筑的錢是私人捐的）。1911年新建筑建成，今天這里是大學(xué)的管理機(jī)構(gòu)的所在地。第一次世界大戰(zhàn)的爆發(fā)擱遲了在漢堡建立大學(xué)的計(jì)劃。

戰(zhàn)后漢堡首次進(jìn)行自由選舉，1919年一名大學(xué)支持者被當(dāng)選為市長，市議會(huì)通過了“漢堡大學(xué)和人民高校的臨時(shí)法律”。漢堡的教授數(shù)量從19名提高到39名。除國立研究所外殖民研究所、教學(xué)堂和艾本多夫醫(yī)院（今大學(xué)附屬醫(yī)院）也被合并入大學(xué)。

漢堡大學(xué)是六個(gè)研究協(xié)會(huì)的成員，19個(gè)其它機(jī)構(gòu)在此駐有代表教學(xué)。

2005年中漢堡大學(xué)有18個(gè)系和七個(gè)不屬于任何系的機(jī)構(gòu)。在今后的改革中這些系將逐漸合并為六個(gè)系，最大的系是包括一個(gè)附屬醫(yī)院的醫(yī)學(xué)系。

除90多個(gè)本科專業(yè)外還有10個(gè)專科學(xué)科。

2005年漢堡大學(xué)還有六個(gè)碩士院。

新教神學(xué)系, 法律系, 法律2系, 經(jīng)濟(jì)學(xué)系, 醫(yī)學(xué)系, 哲學(xué)和社會(huì)科學(xué)系, 教育系, 語言學(xué)系, 歷史系, 文化史系，東方研究系,數(shù)學(xué)系, 物理系, 化學(xué)系, 生物系, 地理系, 心理學(xué)系, 計(jì)算機(jī)科學(xué)系, 體育系

漢堡大學(xué)原有18個(gè)系(新教神學(xué)系, 法律系, 法律2系, 經(jīng)濟(jì)學(xué)系, 醫(yī)學(xué)系, 哲學(xué)和社會(huì)科學(xué)系, 教育系, 語言學(xué)系, 歷史系, 文化史系，東方研究系, 數(shù)學(xué)系, 物理系, 化學(xué)系, 生物系, 地理系, 心理學(xué)系, 計(jì)算機(jī)科學(xué)系, 體育系),經(jīng)過改革之后，現(xiàn)已調(diào)整為6個(gè)學(xué)院：法學(xué)院，經(jīng)濟(jì)和社會(huì)科學(xué)院，醫(yī)學(xué)院，教育、心理與運(yùn)動(dòng)科學(xué)院，人文學(xué)院，數(shù)學(xué)、信息科學(xué)與自然科學(xué)院

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課程設(shè)置：作為一個(gè)國際開放的大都市的象征,漢堡大學(xué)為學(xué)生提供了范圍極廣的近100個(gè)專業(yè)。近年來漢堡大學(xué)的研究重點(diǎn)集中于生物分子技術(shù)(醫(yī)學(xué)和應(yīng)用植物學(xué)方面。
　　圖書館及計(jì)算機(jī)資源：值得一提的是有百年歷史的漢堡大學(xué)醫(yī)院擁有1千張床位,是漢堡最大的醫(yī)院。另外漢堡大學(xué)總共擁有130多所圖書館,總藏書達(dá)3百萬冊(cè)。漢堡大學(xué)和40多所國外大學(xué)有著校際聯(lián)系。
　　漢堡以其港口的有利條件,吸引了許多中國公司在此設(shè)立辦事處。

造船研究所, 計(jì)算機(jī)數(shù)據(jù)處理中心, 國際稅學(xué)研究所, 廣播與電視研究所, 和平研究與安全研究所, 實(shí)驗(yàn)病毒學(xué)和 免疫學(xué)研究所, 綜合研究所, 社會(huì)教學(xué)研究中心